듀랜달이 제창한, 유전자로 사람의 운명을 결정짓는 '데스티니 플랜'이 붕괴된 후
새로운 평화 질서의 실현을 향해, 오브 연합 수장국 대표 카가리를 중심으로 세계평화감시기구 'COMPS'의 창설이 추진되고 있었다.

C.E. 74. 큰 싸움을 마친 세계에서, 신은 자신이 나아가야 할 길을 찾지 못하고 있었다.
그러던 중, Z.A.F.T.에서 오노고로섬의 COMPS 임시 기지로 지난 전장을 누볐던 모빌슈트가 이송된다.
그러나 그날 밤, 누군가에 의해 'Strike Freedom Gundam'이 강탈당하고 만다.

사건의 확대를 막고 빼앗긴 기체를 되찾기 위해, 그리고 지켜야 할 것을 위해
신 일행은 다시 한번 싸움에 몸을 던진다――.